27 let Bachova působení v Lipsku bylo velmi rušných. Jeho místo kantora ve škole sv. Tomáše s sebou neslo mnoho povinností; aby zajistil svou rodinu, přijal Bach na svá bedra i další závazky.
Jedním z důvodů, proč Bach požádal o pozici dirigenta (kantora) v Lipsku, bylo očekávání, že škola sv. Tomáše poskytne jeho synům kvalitní vzdělání. Se svou první ženou Marií Barbarou měl sedm dětí, s druhou ženou Annou Magdalenou mu přibylo dalších 13 potomků. Když se početná Bachova rodina přestěhovala do Lipska, jeho nejstaršímu synovi Wilhelmu Friedemannovi bylo 12 let, druhému nejstaršímu Carlu Philippovi Emanuelovi pouze devět let. Oba tito chlapci se rovněž stali slavnými skladateli, stejně jako nejmladší Johann Christian, který se posléze usadil v Londýně.
Hudební večery
Bachova druhá žena Anna Magdalena byla profesionální zpěvačkou, v Lipsku však omezila využití svého talentu výhradně na hudební večery s přáteli. Bach pro ni sestavil Clavier-Büchlein, knihu klavírních skladeb a písní, jež obsahovala jak jeho vlastní hudbu, tak hudbu jiných skladatelů. Kromě svého působení ve škole zvyšoval Bach svůj příjem různými způsoby, například skládáním svatebních kantát nebo pohřebních kusů, jež přinášelo do napjatého rodinného rozpočtu tolik potřebné peníze.
Příležitosti k cestování
Práce s sebou však také přinášela spokojení a profesní výzvy. Jako nejslavnější německý varhaník žijící v Lipsku byl Bach často zván do jiných německých měst, aby zde vyzkoušel a uvedl do provozu tamní varhany. Příležitosti k cestování byly vítané a Bach mohl Lipsko, byť prosperující, srovnávat například s rozvinutými Drážďanami. Ve snaze získat v Drážďanech místo poslal roku 1733 první dvě části své Mše h moll (Kyrie a Gloria) novému kurfiřtovi Augustovi III. K přestěhování do Drážďan ovšem nedošlo a Bachovi byl pouze udělen čestný titul dvorního skladatele polského krále a saského kurfiřta.
Špatné zdraví
I v posledním desetiletí svého života byl Bach plně pracovně vytížený. Stále si uchovával svůj zájem o varhany, hrál na ně skladby jiných skladatelů a neustále skládal vlastní nová díla. V roce 1747 vedla jedna z jeho cest do Postupimi, kde navštívil svého syna Carla Philippa Emanuela a byl přijat pruským králem Bedřichem Velikým, talentovaným flétnistou. Král předvedl Bachovi své vlastní téma, které Bach využil v komorní skladbě nazvané Hudební obětina, již králi věnoval. Od roku 1749 se začalo povážlivě zhoršovat Bachovo zdraví a pravděpodobně následkem neléčené cukrovky i jeho oči. Bach zemřel roku 1750. Jeho žena Anna Magdalena, která se starala o neprovdané dcery, zemřela v chudobě o deset let později.